Sbírka lodní dopravy patří k nejstarším sbírkovým kolekcím Národního technického muzea, první předměty do ní byly zařazeny již v roce 1908, tedy v roce založení muzea. Její těžiště tvoří modely lodí. K nejstarším patří originální modely říčních plavidel od firmy Lanna.
Skutečné plavidlo je ve sbírce jediné — plachetnice Niké I, se kterou v první polovině sedmdesátých let 20. století osamělý mořeplavec Richard Konkolski obeplul svět. Ta je také vystavena přímo v přízemí dopravní haly. K jedné z posledním velmi významných akvizic patří pozůstalost námořního kapitána Josefa Holuba, z nichž dvojrozměrné předměty jsou v Archivu NTM a trojrozměrné předměty (uniforma, vyznamenání a další) jsou zapsány ve sbírce NTM.