Nejstarší období chemie je ve sbírkách zastoupeno kompletní alchymickou laboratoří, zařízenou a vybavenou replikami nádobí a nástrojů v podobě z konce 15. století. Exponáty vznikly v roce 1914 podle návrhu Otakara Zachara. Kolekci tvoří skleněné nádoby, dobovou terminologií nazývané retortami, alembíky, pelikány, křivule, dále různé hliněné nádoby, destilační zařízení, železné kleště a další pomůcky středověkého alchymisty. Skleněné předměty dodala sázavská sklárna Kavalier.